COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-02 17:00:00 16.231033 16.231033 17.467500
2021-03-01 17:00:00 19.579563 19.579563 17.404312
2021-02-28 17:00:00 16.711185 16.711185 17.182271
2021-02-27 17:00:00 17.164843 17.164843 16.979621
2021-02-26 17:00:00 18.988995 18.988995 16.839872
2021-02-25 17:00:00 19.084453 19.084453 16.602329
2021-02-24 17:00:00 15.522896 15.522896 16.295309

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-02 17:00:00 11.061151 11.061151 10.038107
2021-03-01 17:00:00 4.203633 4.203633 9.660973
2021-02-28 17:00:00 7.593583 7.593583 9.831306
2021-02-27 17:00:00 12.965668 12.965668 9.903622
2021-02-26 17:00:00 19.241983 19.241983 10.196257
2021-02-25 17:00:00 12.611047 12.611047 10.314946
2021-02-24 17:00:00 11.334746 11.334746 10.396212

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-02 17:00:00 14.121037 14.121037 12.993683
2021-03-01 17:00:00 7.129278 7.129278 12.789630
2021-02-28 17:00:00 11.373874 11.373874 12.779397
2021-02-27 17:00:00 13.714286 13.714286 12.795015
2021-02-26 17:00:00 13.509317 13.509317 13.109038
2021-02-25 17:00:00 16.358839 16.358839 13.214087
2021-02-24 17:00:00 18.281938 18.281938 13.220897

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-02 17:00:00 5.049505 5.049505 8.058429
2021-03-01 17:00:00 10.965868 10.965868 7.930188
2021-02-28 17:00:00 9.667674 9.667674 7.934181
2021-02-27 17:00:00 8.151700 8.151700 8.046632
2021-02-26 17:00:00 8.992537 8.992537 8.078734
2021-02-25 17:00:00 8.279983 8.279983 8.095927
2021-02-24 17:00:00 11.834823 7.237122 8.081543

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-02 17:00:00 18.940937 18.940937 16.437903
2021-03-01 17:00:00 20.148778 20.148778 15.914118
2021-02-28 17:00:00 14.674536 14.674536 15.543151
2021-02-27 17:00:00 15.083418 15.083418 15.144581
2021-02-26 17:00:00 18.623392 18.623392 14.866500
2021-02-25 17:00:00 15.792610 15.792610 14.507958
2021-02-24 17:00:00 16.280456 16.280456 14.180864

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-02 17:00:00 35.533879 35.533879 36.447369
2021-03-01 17:00:00 68.558606 68.558606 36.521863
2021-02-28 17:00:00 35.251216 35.251216 36.080371
2021-02-27 17:00:00 33.272251 33.272251 35.281496
2021-02-26 17:00:00 36.965260 36.965260 34.948807
2021-02-25 17:00:00 28.843500 28.843500 34.305411
2021-02-24 17:00:00 22.643605 22.643605 33.298952

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-02 17:00:00 15.100883 15.100883 17.006316
2021-03-01 17:00:00 18.756816 18.756816 16.336794
2021-02-28 17:00:00 18.522542 18.522542 16.248721
2021-02-27 17:00:00 18.787635 18.787635 15.811129
2021-02-26 17:00:00 16.678546 16.678546 15.519176
2021-02-25 17:00:00 19.688671 19.688671 15.059336
2021-02-24 17:00:00 15.978399 15.978399 14.624932

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-02 17:00:00 5.439311 5.439311 6.352304
2021-03-01 17:00:00 9.786277 5.450274 6.293338
2021-02-28 17:00:00 6.818182 6.818182 6.333514
2021-02-27 17:00:00 7.032106 7.032106 6.275394
2021-02-26 17:00:00 8.462554 8.462554 6.244402
2021-02-25 17:00:00 16.893073 7.059353 6.204439
2021-02-24 17:00:00 5.912213 5.912213 6.143357

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-02 17:00:00 12.602842 12.602842 12.930517
2021-03-01 17:00:00 13.739440 13.739440 13.227591
2021-02-28 17:00:00 12.326044 12.326044 13.322634
2021-02-27 17:00:00 13.033791 13.033791 13.405624
2021-02-26 17:00:00 13.764706 13.764706 13.302846
2021-02-25 17:00:00 14.814815 14.814815 13.200110
2021-02-24 17:00:00 10.074231 10.074231 13.026516

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-02 17:00:00 37.199644 37.199644 29.493826
2021-03-01 17:00:00 28.162512 28.162512 29.085121
2021-02-28 17:00:00 26.627933 26.627933 28.536949
2021-02-27 17:00:00 31.014579 31.014579 27.893731
2021-02-26 17:00:00 30.256955 30.256955 27.310288
2021-02-25 17:00:00 27.240627 27.240627 26.719757
2021-02-24 17:00:00 26.376604 26.376604 26.083499

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-02 17:00:00 8.234127 8.234127 14.937869
2021-03-01 17:00:00 24.545955 24.545955 14.999650
2021-02-28 17:00:00 22.826087 22.826087 14.861177
2021-02-27 17:00:00 13.491124 13.491124 14.819393
2021-02-26 17:00:00 19.741007 19.741007 14.803070
2021-02-25 17:00:00 13.013333 13.013333 14.537725
2021-02-24 17:00:00 17.721519 17.721519 14.393060

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-02 17:00:00 3.742204 3.742204 9.991362
2021-03-01 17:00:00 18.303571 18.303571 10.027179
2021-02-28 17:00:00 13.846154 13.846154 9.771532
2021-02-27 17:00:00 8.213820 8.213820 9.615360
2021-02-26 17:00:00 12.805474 12.805474 9.682327
2021-02-25 17:00:00 8.632138 8.632138 9.812475
2021-02-24 17:00:00 9.090909 9.090909 9.813885

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-02 17:00:00 100.425532 80.756014 75.824867
2021-03-01 17:00:00 63.350785 81.018519 75.631105
2021-02-28 17:00:00 52.314815 52.314815 74.874399
2021-02-27 17:00:00 75.714286 75.714286 74.767856
2021-02-26 17:00:00 69.721116 69.721116 75.629446
2021-02-25 17:00:00 80.135440 80.135440 75.562152
2021-02-24 17:00:00 80.498866 80.498866 75.327818

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-02 17:00:00 47.311828 47.311828 80.400420
2021-03-01 17:00:00 15.489130 89.402174 83.222448
2021-02-28 17:00:00 74.772727 74.772727 84.166944
2021-02-27 17:00:00 59.098787 87.212276 84.848600
2021-02-26 17:00:00 89.769821 89.769821 85.396169
2021-02-25 17:00:00 114.366197 114.366197 86.358428
2021-02-24 17:00:00 88.366337 88.366337 86.240715

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-02 17:00:00 16.203424 16.203424 17.955189
2021-03-01 17:00:00 25.920108 25.920108 17.918061
2021-02-28 17:00:00 18.969506 18.969506 17.697490
2021-02-27 17:00:00 17.064062 17.064062 17.425044
2021-02-26 17:00:00 16.592367 16.592367 17.276339
2021-02-25 17:00:00 19.306865 19.306865 17.060033
2021-02-24 17:00:00 18.205739 18.205739 16.723739

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-02 17:00:00 15.975591 15.975591 24.645533
2021-03-01 17:00:00 21.986063 35.574913 24.908902
2021-02-28 17:00:00 53.262519 53.262519 25.293472
2021-02-27 17:00:00 23.528179 23.528179 25.223469
2021-02-26 17:00:00 23.101067 23.101067 25.082527
2021-02-25 17:00:00 28.430648 28.430648 24.825127
2021-02-24 17:00:00 22.589469 22.589469 24.620956

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-02 17:00:00 3.399709 3.399709 3.573440
2021-03-01 17:00:00 3.602882 3.473945 3.700164
2021-02-28 17:00:00 3.725206 3.725206 3.786842
2021-02-27 17:00:00 3.878734 3.878734 3.825098
2021-02-26 17:00:00 3.899721 3.899721 3.790858
2021-02-25 17:00:00 4.132231 4.132231 3.910582
2021-02-24 17:00:00 3.225806 3.225806 4.002039

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-02 17:00:00 12.382411 11.325663 10.171173
2021-03-01 17:00:00 9.719398 9.719398 10.104035
2021-02-28 17:00:00 9.320988 9.320988 10.010034
2021-02-27 17:00:00 10.349650 10.349650 9.982125
2021-02-26 17:00:00 11.571572 11.571572 9.851628
2021-02-25 17:00:00 11.343449 8.845300 9.726566
2021-02-24 17:00:00 10.662994 10.662994 9.601272

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-02 17:00:00 9.147501 9.147501 8.964647
2021-03-01 17:00:00 12.183940 7.866176 8.920745
2021-02-28 17:00:00 9.579334 9.579334 8.891066
2021-02-27 17:00:00 9.071866 9.071866 8.847541
2021-02-26 17:00:00 10.627119 10.627119 8.801798
2021-02-25 17:00:00 10.918627 7.596949 8.754815
2021-02-24 17:00:00 8.574287 8.574287 8.681212

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-02 17:00:00 45.085803 45.085803 28.886508
2021-03-01 17:00:00 58.088235 28.791209 28.527795
2021-02-28 17:00:00 65.432099 22.734584 28.136007
2021-02-27 17:00:00 25.274725 25.274725 28.398401
2021-02-26 17:00:00 31.765835 31.765835 28.321342
2021-02-25 17:00:00 27.958115 27.958115 28.442449
2021-02-24 17:00:00 27.443609 27.443609 28.776775

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-02 17:00:00 6.896552 6.896552 6.481581
2021-03-01 17:00:00 7.142857 7.142857 6.825463
2021-02-28 17:00:00 18.032787 4.371585 6.729156
2021-02-27 17:00:00 6.666667 6.666667 6.597744
2021-02-26 17:00:00 11.206897 11.206897 6.622218
2021-02-25 17:00:00 2.061856 2.061856 6.774812
2021-02-24 17:00:00 11.965812 11.965812 7.063093

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-02 17:00:00 29.554753 29.554753 31.644788
2021-03-01 17:00:00 34.795153 34.795153 30.882852
2021-02-28 17:00:00 30.417362 30.417362 30.426832
2021-02-27 17:00:00 32.830864 32.830864 30.540407
2021-02-26 17:00:00 35.244671 35.244671 30.109210
2021-02-25 17:00:00 30.325581 30.325581 29.922922
2021-02-24 17:00:00 27.022947 27.022947 29.276169

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 11.061151 11.061151 10.038107
Basilicata 14.121037 14.121037 12.993683
Calabria 5.049505 5.049505 8.058429
Campania 18.940937 18.940937 16.437903
Emilia-Romagna 35.533879 35.533879 36.447369
Friuli Venezia Giulia 15.100883 15.100883 17.006316
Lazio 5.439311 5.439311 6.352304
Liguria 12.602842 12.602842 12.930517
Lombardia 37.199644 37.199644 29.493826
Marche 8.234127 8.234127 14.937869
Molise 3.742204 3.742204 9.991362
P.A. Bolzano 100.425532 80.756014 75.824867
P.A. Trento 47.311828 47.311828 80.400420
Piemonte 16.203424 16.203424 17.955189
Puglia 15.975591 15.975591 24.645533
Sardegna 3.399709 3.399709 3.573440
Sicilia 12.382411 11.325663 10.171173
Toscana 9.147501 9.147501 8.964647
Umbria 45.085803 45.085803 28.886508
Valle d'Aosta 6.896552 6.896552 6.481581
Veneto 29.554753 29.554753 31.644788

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

Exported from Italia/Percent_Positive.ipynb committed by maxdevblock on Tue Mar 2 17:59:16 2021 revision 211, 4d61e7d